Wybuch wojny zastał Państwowe Zakłady Lotnicze w pełnym rozruchu. 1 września 1939 roku około godz. 10 nad wytwórnię nadleciał samolot bez znaków rozpoznawczych i ostrzelał jej teren z broni pokładowej. Obrona przeciwlotnicza, składająca się z działka i ciężkich karabinów maszynowych, obsługiwana przez żołnierzy rezerwy i straż przemysłową, odstraszała niemieckich lotników. 3 września w okolicy zakładu spadły pierwsze bomby, ale tylko jedna w niewielkim stopniu uszkodziła jeden ze słupów hali montażowej. Podczas nalotów pracownicy ukrywali się w kartoflisku nad Wisłokiem. Po kilku dniach do Rzeszowa przyszło zarządzenie likwidacji dokumentacji technicznej budowy i unieszkodliwienia, czyli niszczenia, obrabiarek i urządzeń, aby nie dostały się w ręce Niemców sprawne. 6 września w alei Pod Kasztanami wypłacono ostatnie pobory. 7 września zarządzono ewakuację członków kadry kierowniczej i kierownictwa budowy. Większość z nich dojechała do Zamościa i udała się w kierunku granicy rumuńskiej, aby w końcu znaleźć się we Francji i Anglii. Część pozostała w kraju. Dyrektor Poreyko dojechał do Francji, mjr Czyżewski i dyrektor Dziewoński znaleźli się w Anglii, natomiast inż. Danilecki pozostał w kraju.

9 września 1939 r. rzeszowską WS nr 2 zajęli Niemcy. Zakłady podzielono między Flugmotorenwerke Reishshof GmbH (włączone do firmy lotniczej Ernest Henschel z Kassel) i Daimler Benz ze Stuttgartu (koncern prowadził zakłady naprawcze silników dla lotnictwa na froncie wschodnim). Zatrudniały one w końcu 1941 r. dwa tysiące robotników, w tym 200 Niemców, i przeprowadzały remonty oraz wykonywały części silników samolotów bojowych, m.in. DB-606A. W 1941 r. w zakładzie utworzono oddział remontowy pod nazwą „Dabag-Ostwerke” GmBH Reishof.

Na terenie wytwórni aktywnie działał ruch oporu; robotnicy i inżynierowie sypali piasek do urządzeń lub niszczyli je łomami. Na masową skalę stosowano sabotaż. Nagminne kradzieże narzędzi powodowały przerwy w pracy. Inną formą sabotażu były szybsze niż wynikające z norm zużycia narzędzi.

W styczniu 1943 r. zatrudnienie wzrosło do 3325 osób, w tym było 150 Niemców i 500 Żydów. W marcu 1944 r. pracowało już 4410 osób, w tym 480 Niemców, 340 Żydów, 260 Rosjan. Dyrektorem fabryki był Werner Ramstedt. Produkowano silniki oraz części do silników - cylindry, korbowody, bloki cylindrów i sprzęgła. W czasie okupacji nie powstały żadne obiekty przemysłowe. Wybudowano jedynie drewniane baraki przeznaczone na obóz jeniecki i żydowski oraz na stołówkę i dodatkowe magazyny. Niemcy wywieźli 60 procent (455 sztuk) obrabiarek. Maszyny te nigdy nie wróciły do Rzeszowa.

2 sierpnia 1944 r. zakład został przejęty przez zarząd wojskowy, na czele którego stał specjalista z zakresu lotnictwa ppłk inż. Siergiej W. Worożbiejew. Produkowano przęsła mostów oraz części do samochodów ZIS i GAZ na potrzeby Armii Radzieckiej. W lipcu 1945 r. fabrykę przekazano polskiej administracji. Przez kolejne cztery lata nosiła ona nazwę Państwowe Zakłady Lotnicze, Wytwórnia Silników nr 2 i podlegała Centralnemu Zarządowi Przemysłu Zbrojeniowego.

W okresie tym poza szerokim asortymentem wyrobów niezwiązanych z przemysłem lotniczym - obrabiarki do metali, narzędzia skrawające, części do traktorów i samochodów - wykonywano przeważnie remonty silników lotniczych konstrukcji rosyjskiej oraz części do nich.
W 1948 r. wytwórnia wykonała na zamówienie Szwecji remont 24 tłokowych silników lotniczych JUMO 211 ABD/GH o mocy 1200 KM. Przystąpiono także do uruchomienia silnika M-11 D na licencji rosyjskiej, a następnie jego odmiany M-11 FR, były one stosowane m.in. do samolotów Jak-18, CSS-13 oraz Junak-2, Junak-3, Żak-Zuch konstrukcji doc. inż. Tadeusza Sołtyka. Były to silniki gwiazdowe, 5-cylindrowe o mocy odpowiednio 125 i 150 KM.
Intensywnemu rozwojowi przedsiębiorstwa, szczególnie w latach 1949-1952, towarzyszył postęp w dziedzinie technik wytwarzania oraz wzrost zatrudnienia i powstawanie nowych służb. Z myślą o pracownikach w latach 1950-1954 zbudowano na przyfabrycznym osiedlu 22 bloki, w których zamieszkało ponad 800 rodzin. W 1953 r. powołany został społeczny inspektor pracy, a w latach 1953-1954 organizowano pierwsze „Miesiące bhp i bezwypadkowej pracy”.

W gronie pracowników znalazła się grupa zapaleńców skupiona wokół zakładowego koła sportowego działającego przy Organizacji Młodzieżowej Towarzystwa Uniwersytetu Robotniczego, która postanowiła założyć klub sportowy. Pierwsza powstała sekcja bokserska (1944), a następnie piłkarska (1945).

W 1949 r. klub przyjął nazwę Związek Sportowy Stal Rzeszów. Powstawały kolejne sekcje. W 1951 r. wspólnie z dyrekcją zakładu podjęto decyzję o budowie nowego stadionu. Oddano go do użytku w 1955 r.
W inauguracyjnym meczu spotkały się drugie reprezentacje Polski i Bułgarii.

Kolejnym ważnym etapem w historii zakładu były lata 1950-1952, kiedy to rozpoczęto produkcję silników turbinowych na licencji rosyjskiej. Zygmunt Nawrocki, dyrektor zakładu, otrzymał zadanie opracowania planu rozbudowy wytwórni i przygotowania jej do produkcji silników odrzutowych oraz zaadaptowania dokumentacji licencyjnej na silnik G-2 udzielonej przez ZSRR. Zmodernizowana przez pracowników WSK wersja silnika została przerobiona przez Specjalne Biuro Projektowe w Warszawie. Przystąpiono do energicznych prac nad rozbudową zakładu.

 W 1951 r. nastąpiło usamodzielnienie się WSK jako przedsiębiorstwa państwowego, które podlegało Ministerstwu Przemysłu Ciężkiego. Zakład przyjął nazwę Wytwórnia Sprzętu Komunikacyjnego w Rzeszowie.

Powstały nowe budynki, w 1951 r. uruchomiony został wydział kuźni, a w 1952 r. oddano do użytku halę odlewni aluminium. Budowa bazy odlewniczej była bowiem jedną z najpilniejszych potrzeb. Zakład posiadał przejętą po upaństwowieniu w 1948 r. odlewnię w Gorzycach, ale jej możliwości produkcyjne były za małe w stosunku do rosnących potrzeb.

W następnych latach na zakładowej mapie pojawiły się dalsze obiekty - wydziały obróbki mechanicznej, montażu, blacharnia i inne. Zrodziła się pierwsza własna konstrukcja, którą był opracowany pod kierownictwem inż. Tadeusza Mirskiego (1956-1958) prototyp silnika turboodrzutowego, oznaczonego symbolem TO-1. Mimo że nie wszedł on do produkcji seryjnej, pozwolił jednak na zdobycie doświadczenia w zakresie wykonywania kompleksowych badań niektórych zespołów i całego napędu. W 1955 r., opierając się na własnej dokumentacji konstrukcyjnej, produkowano silniki i motocykle żużlowe, znane w całej Europie, popularne FIS-y. Mimo utrudnień wykonawstwo zadań przebiegało rytmicznie. Plan 1955 r. wykonano w 99,3 proc. i o 164,4 tys. zł osiągnięto wyższe od planowanych dochody.

W 1957 r. wdrożono do produkcji przekładnie śmigłowca SM-1, które wraz z wytwarzanymi od 1958 r. silnikami tłokowymi
7-cylindrowymi Lit-3 stanowiły jednostkę napędową śmigłowca SM-1 produkowanego przez WSK Świdnik.
Plan 5-letni przypadający na lata 1956-1960 opracowano na polecenie Centralnego Zarządu Przemysłu Sprzętu Komunikacyjnego. Zawierał on rozwój produkcji, która rosła z każdym rokiem.
Realizację planu umożliwiała rosnąca liczba pracowników i zwiększające się płace.

W 1958 r. nastąpił spadek produkcji. Przyczyny to: niedostateczna liczba biur technicznych, braki produkcyjne oraz braki w zamówieniach. Aby uniknąć zwolnień, w ramach tzw. produkcji ubocznej wykonywano silniki do samochodu osobowego Mikrus, wiertarki kadłubowe, pulsopyle do rozpylania środków owadobójczych, wirówki do mleka, maszyny dziewiarskie, obrabiarki oraz... nakrycia stołowe. Do 1959 r. wyprodukowano 2 239 silników do samochodu Mikrus.

Rok 1960 był ostatni w ramach planu 5-letniego. Produkcja globalna wykonana została w nim w 100,2 proc., a towarowa w 103,5 proc. Na przykład w 1959 r. wynosiła ona 95,4 proc. Ogólnie jednak w porównaniu do roku 1959 nastąpiło zmniejszenie produkcji, która w tymże 1960 r. miała wartość 23 581,9 tys. zł, w tym dla Ministerstwa Obrony Narodowej 12 361,3 tys. zł; na eksport 8 990,1 tys. zł.